در اجرای ماده (۱۲) قانون، وزارتخانه‌ها و سازمان‌های مسئول سایر کنترل‌ها موظفند به شرح زیر اقدام کنند:
الف) استقرار نمایندگان تام‌الاختیار خود در اجرای پنجره واحد فیزیکی، حسب نظر گمرک، در مراکز مربوطه در گمرک‌های اجرایی، به نحوی که پاسخگویی کامل به مراجعان انجام شود.
ب) تنظیم ساعات کاری و ایام حضور نمایندگان تام‌الاختیار خود بر اساس نظر گمرک، به نحوی که هیچ‌گونه خللی در ترخیص کالا به دلیل عدم حضور آنان ایجاد نشود.
پ) تنظیم مدت بازدید، نمونه‌گیری و پاسخگویی خود به‌طور کامل و بر اساس نظر گمرک، به نحوی که زمان ترخیص کالا از گمرک تا دو سال پس از لازم‌الاجرا شدن این آیین‌نامه حداقل سی درصد کاهش یابد.
ت) ارائه اسناد، مدارک، گواهی‌ها و مجوزهای مرتبط به گمرک به‌صورت الکترونیکی، به نحوی که گمرک ایران تعیین می‌کند. رعایت این بند توسط سازمان‌ها و مؤسساتی که در انجام تشریفات گمرکی کالا دخیل هستند نیز الزامی است.
ث) فراهم کردن امکانات لازم و آموزش کارکنان گمرک در مواردی که برخی از کنترل‌ها با هماهنگی قبلی به گمرک واگذار می‌شود.
ج) اتمام و تکمیل ساختمان‌های اداری از لحاظ سخت‌افزاری و نرم‌افزاری و تحویل کل مجموعه به گمرک ایران توسط سازمان‌های متولی ایجاد زیرساخت در مبادی ورودی و خروجی.
